交通运输部水运局局长宋德星称，正在跟财税部门协商研究，希望能够在一些政策细则上有所调整。
    2013年年报披露已近尾声，记者梳理年报数据发现，作为最早开始“营改增”改革的行业，也是受宏观经济影响最大的行业，交通运输业部分上市公司似乎仍难渡过“营改增”带来的增负“阵痛期”。
    年报数据显示，交通运输业的“翅膀”——航空业呈现持续低迷，以中国国航为例：2013年中国国航实现营业收入976.28亿元，同比减少2.22%.其中主营业务收入为955.52亿元，同比减少2.45%.中国国航年报称，主要是受“营改增”政策影响。
    “2013年航空公司整体油价水平是低于2012年的，国航的航油成本约为337亿元，同比减少19.18亿元，减幅为5.38%.但因为 营改增 ，还原为同口径之后，航油成本同比增长1.57%；同样受到影响的还有航食成本，虽然同比减少2.46亿元，但因为 营改增 相关政策影响，航食成本同比增加了3.06%.”中国国航年报显示。
    “影响行业利润和成本的因素很多， 营改增 对行业利润的影响需要看 营改增 直接导致的利润影响有多少，才能有客观衡量。”上海财经大学教授胡怡建在接受《证券日报》记者采访时表示，如果行业内多数公司都因“营改增”整体税负增加，那确实是行业性影响，否则可能仅是部分企业或个别项目的现象，导致成本上升和利润下降的因素很多，不能轻易因个别现象将之归咎于营改增。
    除航空业以外，国内的航运企业2013年业绩表现也不乐观。根据已经发布2013年业绩报告的十几家国内航运公司的公告，包括中海集团旗下的中海发展和中海集运都预告亏损。与此同时，“营改增”以后，航运业的税负也面临不降反增的现象。
    “ 营改增 后航运业适用的营业税税率偏高。”中海集团总会计师苏敏指出，航运业原营业税制下的税率为3%，“营改增”后适用税率为11%，充分考虑进项抵扣，相当于将原营业税率提高至4.5%.“苏敏同时指出，航企大量船舶投资集中在2009年至2011年实施，而”营改增“后2012年以前购入船舶未纳入抵扣范围，大量存量增加了企业税负。
    “ 营改增 后实际税负可能增加的企业，其 痛苦 是一段时期的问题，并可以此作为推动企业发掘专业化细分潜力、提升品牌、升级转型的压力和动力，变被动为主动。”针对交通运输业部分企业税收暂时出现上升的阵痛现象，财政部财政科学研究所所长贾康表示，不能因为少数企业税负上升了就否定“营改增”的必要性。